ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Влияние артефактов пцр на эффективность генотипирования по микросателлитным локусам при использовании электрофореза в нативных полиакриламидных гелях

Кулибаба Р.А., Ляшенко Ю.В.

Оригінальна работа 




Изучен вопрос образования различных типов артефак-тов в процессе амплификации при использовании разных классов молекулярно-генетических маркеров (Indel и SSR). Показано, что в процессе амплификации гетерозиготных образцов как фрагментов целевых генов, так и микросателлитов образуется гетеродуплексная ДНК. При проведении электрофореза в нативном полиакриламидном геле продуктов амплификации гомозиготных образцов по микросателлитным локусам обнаружены специфические дополнительные фрагменты, которые не относятся к классу гетеродуплексной ДНК. Очевидно, ополнительные фрагменты относятся к особому типу гомодуплексной ДНК – нелинейным гомодуплексам. Проведенный анализ выявил, что образование нелинейной гомодуплексной ДНК происходит на 20–25-м цикле ПЦР как при амплификации ДНК опытных образцов, так и вырезанных из геля отдельных фрагментов.

РЕЗЮМЕ. Вивчено питання утворення різних типів артефактів упродовж ампліфікації при використанні різних класів молекулярно-генетичних маркерів (Indel і SSR). Встановлено, що в процесі ампліфікації гетерозиготних зразків як фрагментів цільових генів, так і мікросателітів утворюється гетеродуплексна ДНК. При проведенні електрофорезу в нативному поліакриламідному гелі продуктів ампліфікації гомозиготних зразків за мікросателітними локусами виявлено специфічні додаткові фрагменти, які не належать до класу гетеродуплексної ДНК. Зроблено припущення, що додаткові фрагменти належать до особливого типу гомодуплексної ДНК – нелінійних гомодуплексів. Проведений аналіз виявив, що утворення нелінійної гомодуплексної ДНК відбувається на 20–25-му циклі ПЛР як при ампліфікації ДНК дослідних зразків, так і вирізаних із гелю окремих фрагментів.

Ключові слова: микросателлиты, инсерции, полимеразная цепная реакция, артефакты, гетеродуплексы, гомодуплексы
мікросателіти, інсерції, полімеразна ланцюгова реакція, артефакти, гетеродуплекси, гомодуплекси

Цитологія і генетика 2016, том 50, № 3, C. 16-23

Государственная опытная станция птицеводства НААН Украины, Борки

E-mail: romankx rambler.ru

Кулибаба Р.А., Ляшенко Ю.В. Влияние артефактов пцр на эффективность генотипирования по микросателлитным локусам при использовании электрофореза в нативных полиакриламидных гелях, Цитологія і генетика., 2016, том 50, № 3, C. 16-23.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
R. A. Kulibaba, Y. V. Liashenko Influence of the PCR artifacts on the genotyping efficiency by the microsatellite loci using native polyacrylamide gel electrophoresis, Cytol Genet., 2016, vol. 50, no. 3, pp. 162–167
DOI: 10.3103/S0095452716030087


Copyright© ICBGE 2002-2020 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 15.08.20