ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





К вопросу генотипирования штаммов бактерий родов Pectobacterium и Pseudomonas – возбудителей бактериозов картофеля

Терлецкий В.П., Лазарев А.М.

Оригінальна работа 




Молекулярно-генетические приемы исследований дают возможность идентифицировать фитопатогены c полной характеристикой их наследственного материала. Предлагаемый нами метод генотипирования основан на использовании двух эндонуклеаз рестрикции для расщепления геномной ДНК бактерии. Присутствующая в реакционной смеси ДНК-полимераза (Taq) обеспечивает мечение фрагментов ДНК биотинилированным дезоксицитозинтрифосфатом (Bio-dCTP). Метка включается только в ДНК, имеющей 3-штрих усеченные концы, образуемые первым ферментом. Вторая эндонуклеаза рестрикции дает только тупые концы фрагментов, не способных включать метку. В результате ДРИМ-реакции (двойного расщепления и избирательного мечения) на фильтре визуализируют 20–50 четко различимых фрагментов ДНК, количество и распределение которых характерно для каждого бактериального штамма. Работа осуществлена с использованием двух пар ферментов рестрикции – XbaI/DraI и XbaI/Eco24I; ее результаты указывают на одинаковую дискриминационную способность ферментов. Некоторое преимущество имеет комбинация XbaI/DraI, позволяющая увидеть различия генетических профилей в области длинных фрагментов ДНК. Генетический профиль Ps. fluorescens 894, выявляемый с помощью пары ферментов BcuI-Eco32, существенно отличался от профиля Ps. xanthochlora, что и следовало ожидать при сравнении этих двух видов. В целом, результаты генотипирования коррелируют с материалами исследований о происхождении бактериальных штаммов. В частности, микроорганизмы с одинаковым генетическим профи-лем Д822/Д828, Г399/Г400, С960/С966 получены из пораженных клубней одного опытного поля, что допускает возможность контактного распространения патогена. В отдельных случаях отмечается идентичность штаммов, несмотря на их разное географическое происхождение. Этот факт подтверждает контаминацию, произошедшую ранее при использовании зарубежного посадочного картофеля.

РЕЗЮМЕ. Молекулярно-генетичні прийоми досліджень дають змогу ідентифікувати фітопатогени з повною характеристикою їх спадкового матеріалу. Пропонований нами метод генотипування заснований на використанні двох ендонуклеаз рестрикції для розщеплення геномної ДНК бактерії. Присутня в реакційній суміші ДНК-полімераза (Taq) забезпечує мічення фрагментів ДНК біотинильованим дезоксицитозинтри-фосфатом (Bio-dCTP). Мітка включається тільки в ДНК, що має 3ʹ усічені кінці, утворені першим ферментом. Друга ендонуклеаза рестрикції дає тільки тупі кінці фрагментів, які не здатні включати мітку. В результаті ПРВМ-реакції (подвійного розщеплення і вибіркового мічення) на фільтрі візуалізують 20–50 чітко помітних фрагментів ДНК, кількість і розподіл яких характерні для кожного штаму бактерій. Робота здійснена з використанням двох пар ферментів рестрикції – XbaI/DraI і XbaI/Eco24I; її результати вказують на однакову дискримінаційну здатність ферментів. Деяку перевагу має комбінація XbaI/DraI, що дозволяє поба-чити відмінності генетичних профілів в ділянці довгих фрагментів ДНК. Генетичний профіль Ps. fluorescens 894, що виявляються за допомогою пари ферментів BcuI/Eco32, істотно відрізнявся від профілю Ps. xanthochlora, що і слід було очікувати при порівнянні цих двох видів. У цілому, результати генотипування корелюють з матеріалами досліджень про походження бактеріальних штамів. Зокрема, мікроорганізми з однаковим генетичним профілем Д822/Д828, Г399/Г400, С960/С966 отримані з уражених бульб одного дослідного поля, що допускає можливість контактного поширення патогену. В окремих випадках відзначається ідентичність штамів, незважаючи на їх різнe географічне походження. Цей факт підтверджує контамінацію, що сталася раніше при використанні зарубіжної посадкової картоплі.

Ключові слова: патогены картофеля, штаммы, эндонуклеазы рестрикции, генотипирование
патогени картоплі, штами, ендонуклеази рестрикції, генотипування

Цитологія і генетика 2019, том 53, № 3, C. 38-46

E-mail: valeriter mail.ru, allazar54 mail.ru

Терлецкий В.П., Лазарев А.М. К вопросу генотипирования штаммов бактерий родов Pectobacterium и Pseudomonas – возбудителей бактериозов картофеля, Цитологія і генетика., 2019, том 53, № 3, C. 38-46.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
V. P. Terletskiy, A. M. Lazarev On Genotyping Bacterial Strains of the Genera Pectobacterium and Pseudomonas: Pathogens of Bacterioses in Potatoes, Cytol Genet., 2019, vol. 53, no. 3, pp. 212–218
DOI: 10.3103/S0095452719030058


Copyright© ICBGE 2002-2020 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 30.10.20