Головна Контакти Архів   Тематика журналу Підписка До уваги авторів Редколегія Дестопна версія

Біоінформаційний пошук Са²⁺­ та кальмодулін­залежних протеїнкіназ, потенційно пов’язаних з регуляцією рослинного цитоскелета

Новожилов Д.О., Карпов П.А., Блюм Я.Б.

Оригінальна работа 

РЕЗЮМЕ. Представлены результаты биоинформационного поиска Са²⁺- и кальмодулин-зависимых протеинкиназ из Arabidopsis thaliana, которые могут принимать участие в регуляции цитоскелета. Отбор гомологов проведен на основании сходства с кальмодулин-зависимыми протеинкиназами из Homo sapiens и Mus musculus, влияющими на структуру и динамику цитоскелета. В общем были использованы последовательности каталитических доменов 41 животной протеинкиназы и 42 растительных гомологов. Ближайшие животные и растительные гомологи определены с помощью различных методов филогенетической кластеризации. В результате биоинформационного исследования растительные протеинкиназы CPK7, CPK14, CPK32, CPK17, CPK34, CPK20, CPK27, CPK16, CPK18, CPK28, CRK2, CRK4 и СRK6 отобраны как наиболее вероятные регуляторы цитоскелета растений.

Надано результати біоінформаційного пошуку Са²⁺- та кальмодулін-залежних протеїнкіназ з Arabidopsis thaliana, що можуть брати участь у регуляції цитоскелета. Відбір гомологів здійснено на підставі подібності до кальмодулін-залежних протеїнкіназ з Homo sapiens і Mus musculus, що впливають на структуру і динаміку цитоскелета. Загалом використано послідовності каталітичних доменів 41 тваринної протеїнкінази та 42 відомих рослинних гомологів. Найближчі тваринні та рослинні гомологи визначені за допомогою різних методів філогенетичної кластеризації. За результатами біоінформаційного дослідження рослинні протеїнкінази CPK7, CPK14, CPK32, CPK17, CPK34, CPK20, CPK27, CPK16, CPK18, CPK28, CRK2, CRK4 і СRK6 відібрані як найбільш імовірні регулятори цитоскелета рослин.

Ключові слова: протеинкиназа, CaMK, CDPK, CRK, цитоскелет, выравнивание, филогенетическое дерево
протеїнкіназа, CaMK, CDPK, CRK, цитоскелет, вирівнювання, філогенетичне дерево

Цитологія і генетика 2017, том 51, № 4, C. 3-12

Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України, Київ

E-mail: blume nas.gov.ua, novozhylovd gmail.com

Новожилов Д.О., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Біоінформаційний пошук Са²⁺­ та кальмодулін­залежних протеїнкіназ, потенційно пов’язаних з регуляцією рослинного цитоскелета, Цитологія і генетика., 2017, том 51, № 4, C. 3-12.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
D. O. Novozhylov, P. A. Karpov, Ya. B. Blume Bioinformatic search for Ca2+- and calmodulin-dependent protein kinases potentially associated with the regulation of plant cytoskeleton, Cytol Genet., 2017, vol. 51, no. 4, pp. 239–246
DOI: 10.3103/S0095452717040053