Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного ftsz-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов

Демчук О.Н., Карпов П.А., Блюм Я.Б.

Оригінальна работа 

Приведен обзор и анализ возможностей применения технологии CUDA для ускорения расчетов в области структурной биологии и биоинформатики. На примере работы с программой HEX 6.1 выполнен сравнительный анализ прироста производительности и качества результатов жесткого докинга низкомолекулярных соединений различных классов на поверхности FtsZ белка из Arabidopsis thaliana. Идентифицировано несколько потенциальных сайтов связывания бензимидазолов с растительным FtsZ.

РЕЗЮМЕ. Наводиться огляд та аналіз можливостей застосування технології CUDA для прискорення обчислень в галузі структурної біології та біоінформатики. На прикладі роботи з програмою Hex 6.1 здійснено порівняльний аналіз приросту продуктивності та якості результатів жорсткого докінгу низькомолекулярних сполук різних класів на поверхні FtsZ-білка із Arabidopsis thaliana. Ідентифіковано декілька потенційних сайтів зв’язування бензімідазолів із рослинним FtsZ.

Цитологія і генетика 2012, том 46, № 3, C. 55-64

Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, Киев, Украина

E-mail: demom79 gmail.com

Демчук О.Н., Карпов П.А., Блюм Я.Б. Докинг низкомолекулярных лигандов на молекуле растительного ftsz-белка: применение технологии cuda для ускорения расчетов, Цитологія і генетика., 2012, том 46, № 3, C. 55-64.