ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Development of novel low­copy nuclear gene primers by transcriptomes in an endemic genus Orinus Hitchc. (Poaceae) from the Qinghai­Tibet Plateau

Yuping Liu, Xu Su, Ting Lv, Kelong Chen

Реферат статті 




РЕЗЮМЕ. Одинадцять маркерів низькокопійних ядерних генів було розроблено у цьому дослідженні за допомогою транскриптом роду Orinus Hitchc. (Poaceae), до якого входять три види трав, широко розповсюджених на Цинхай-Тібетському нагір’ї. Розроблені маркери були успішно ампліфіковані та секвеновані для 90 окремих рослин з дев’яти популяцій трьох видів Orinus. Послідовності ДНК для одинадцятьох локусів були в діапазоні від 606 до 1152 зв’язаних пар основ. Порівняно з чотирма перспективними маркерами ДНК-штрихкодування з наших попередніх досліджень, розроблені новітні маркери мали відносно вищу кількість змінних сайтів, ніж три спейсери пластом (7-20 проти 1-8), однак дещо нижчу у порівнянні з внутрішніми транскрибованими спейсерами (ITS). Таким чином, ці новітні пари праймерів низькокопійних ядерних генів були дуже корисними для вивчення філогеографії, філогенетичного аналізу і популяційної генетики. Окрім того, вони можуть бути корисними для реконструкції філогенезу і формування видів з широкого діапазону Orinus та навіть всього підколіна Tridentinae.

Ключові слова: Poaceae; Orinus; транскриптом; низькокопійний ядерний ген; праймер; секвенування нового покоління

Цитологія і генетика 2019, том 53, № 3, C. 78-79

  1. Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Geography and Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  2. Key Laboratory of Physical Geography and Environmental Process in Qinghai Province, School of Geography and Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  3. Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Geography and Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China

E-mail: xusu8527972 126.com

Yuping Liu, Xu Su, Ting Lv, Kelong Chen Development of novel low­copy nuclear gene primers by transcriptomes in an endemic genus Orinus Hitchc. (Poaceae) from the Qinghai­Tibet Plateau, Цитологія і генетика., 2019, том 53, № 3, C. 78-79.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
Yuping Liu, Xu Su, Ting Lv, Kelong Chen Development of Novel Low-Copy Nuclear Gene Primers by Transcriptomes in an Endemic Genus Orinus Hitchc. (Poaceae) from the Qinghai-Tibet Plateau, Cytol Genet., 2019, vol. 53, no. 3, pp. 261–265
DOI: 10.3103/S0095452719030113


Посилання

1. Qiu, Y.L., Lee, J., Bernasconi-Quadroni, F., Soltis, D.E., Solitis, P.S., Zanis, M., Zimmer, E.A., Chen, Z., Savolainen, V., and Chase, M.W., The earliest angiosperms: evidence from mitochondrial, plastid, and nuclear genomes, Nature, 1999, vol. 402, no. 6760, pp. 404–407.

2. Soltis, P.S., Soltis, D.E., and Chase, M.W., Angiosperm phylogeny inferred from multiple genes as a tool for comparative biology, Nature, 1999, vol. 402, no. 6760, pp. 402–404.

3. Crawford, D.J., Plant macromolecular systematics in the past 50 years: one view, Taxon, 2000, vol. 49, no. 3, pp. 479–501.

4. Rieseberg, L.H. and Soltis, D.E., Phylogenetic consequences of cytoplasmic gene flow in plants, Evol. Trends Plants, 1991, vol. 5, no. 1, pp. 65–84.

5. Soltis, P.S. and Soltis, D.E., Genetic variation in endemic and widespread plant species: examples from Saxifraga ceae and Polystichum (Dryopteridaceae), Aliso, 1991, vol. 13, no. 1, pp. 215–223.

6. Sang, T., Utility of low-copy nuclear gene sequences in plant phylogenetics, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol., 2002, vol. 37, no. 3, pp. 121–147.

7. Alvarez, I. and Wendel, J.F., Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference, Mol. Phylogenet. Evol., 2003, vol. 29, no. 3, pp. 417–434.

8. Su, X., Wu, G.L., Li, L.L., and Liu, J.Q., Species delimitation in plants using the Qinghai-Tibetan Plateau endemic Orinus (Poaceae: Tridentinae) as an example, Ann. Bot., 2015, vol. 116, no. 1, pp. 35–48.

9. Su, X., Liu, Y.P., Wu, G.L., Luo, W.C., and Liu, J.Q., A taxonomic revision of Orinus (Poaceae) with a new species, O. intermedius, from the Qinghai-Tibet Plateau, Novon, 2017, vol. 25, no. 2, pp. 206–213.

10. Ghangal, R., Raghuvanshi, S., and Sharma, P.C., Isolation of good quality RNA from a medicinal plant sea buckthorn, rich in secondary metabolites, Plant Physiol. Biochem., 2009, vol. 47, nos. 11–12, pp. 1113–1115.

11. Grabherr, M.G., Haas, B.J., Yassour, M., Levin, J.Z., Thompson, D.A., Amit, I., Adiconis, X., Fan, L., Raychowdhury, R., Zeng, Q.D., Chen, Z.H., Mauceli, E., Hacohen, N., Gnirke, A., Rhind, N., Palma, F.D., Birren, B.W., Nusbaum, C., Lindblad-Toh, K., Friedman, N., and Regev, A., Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome, Nat. Biotechnol., 2011, vol. 29, no. 7, pp. 644–652.

12. Langmead, B. and Salzberg, S., Fast gapped-read alignment with Bowtie 2, Nat. Methods, 2012, vol. 9, no. 4, pp. 357–359.

13. Li, H., Handsaker, B., Wysoker, A., Fennell, T., Ruan, J., Homer, N., Marth, G., Abecasis, G., and Durbin, R., 1000 Genome Project Data Processing Subgroup, the sequence alignment/map format and samtools, Bioinformatics (Oxford, England), 2009, vol. 25, no. 16, pp. 2078–2079.

14. Rozen, S. and Skaletsky, H., Primer3 on the Www for general users and for biologist programmers, Meth. Mol. Biol., 2000, vol. 132, pp. 365–386.

15. Pillon, Y., Johansen, J., Sakishima, T., Chamala, S., Barbazuk, W.B., Roalson, E.H., Price, D.K., and Stacy, E.A., Potential use of low-copy nuclear genes in DNA barcoding: a comparison with plastid genes in two Hawaiian plant radiations, BMC Evol. Biol., 2013, vol. 13, no. 1, p. 35.

Copyright© ICBGE 2002-2021 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 21.10.21