ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Characterization and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloroplast Genome of Orinus kokonoricus (Poaceae), an Endemic Species from the Qinghai-Tibet Plateau

YUPING LIU, TING LV, TAO LIU, XU SU

Реферат статті 




РЕЗЮМЕ. Orinus kokonoricus – це альпійська багаторічна трава (Poaceae), ендемічна для Цинхай-Тібетського нагір’я (ЦТН) в Китаї, яка має надзвичайно велику екологічну та генетичну цінність. Для того, щоб дослідити характеристики та філогенетичний аналіз повного геному хлоропласту (cp) O. kokonoricus у цьому дослідженні, ми спочатку секвенували та зібрали його cp геном за допомогою платформи Illumina HiSeq4000. Результати продемонстрували, що повний cp геном Okokonoricus має довжину 134 466 п.н. з високим вмістом AT – 61.6% і стандартну чотиристоронню структуру, включаючи одну велику унікальну послідовність (LSC, 79 932 п.н.), одну малу унікальну послідовність (SSC, 12 490 п.н.) та дві ділянки з інвертованими повторами (IRA та IRB, 21 022 п.н. в кожному). Він повністю кодує 137 генів, що містять 81 білок-кодуючий ген, 45 тРНК генів та вісім рРНК генів. Більше того, більшість цих генів присутні в унікальних послідовностях. Жоден з анотованих генів cp геному O. kokonoricus не містить інтронів. Крім того, філогенетичний аналіз на основі 40 послідовностей повного cp геному Poaceae показав, що O. kokonoricus є сестринською кладою кладі виду Eragrostis з Chloridoideae.

Ключові слова: Orinus kokonoricus; Poaceae; повний геном хлоропласту; філогенетичний аналіз; Цинхай-Тібетське нагір’я

Цитологія і генетика 2019, том 53, № 6, C. 86-87

  • Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  • Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China

E-mail: xusu8527972 126.com

YUPING LIU, TING LV, TAO LIU, XU SU Characterization and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloroplast Genome of Orinus kokonoricus (Poaceae), an Endemic Species from the Qinghai-Tibet Plateau, Цитологія і генетика., 2019, том 53, № 6, C. 86-87.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
Yuping Liu, Ting Lv, Tao Liu, Xu Su Characterization and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloroplast Genome of Orinus kokonoricus (Poaceae), an Endemic Species from the Qinghai-Tibet Plateau, Cytol Genet., 2019, vol. 53, no. 6, pp. 510–514
DOI: 10.3103/S0095452719060045


Посилання

1. Gray, J.C., Genetic manipulation of the chloroplast genome, Biotechnology, 1989, vol. 12, no. 14, pp. 317–335.

2. Howe, C.J., Barbrook, A.C., Koumandou, V.L., Nisbet, R.E., and Symington, H.A., Evolution of the chloroplast genome, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B: Biol. Sci., 2003, vol. 358, no. 1429, pp. 99–107.

3. Jansen, R.K., Cai, Z.Q., Raubeson, L.A., Daniell, H., Depamphilis, C.W., Leebens-Mack, J., Müller, K.F., Guisinger-Bellian, M., Haberle, R.C., Hansen, A.K., Chumley, T.W., Lee, S.B., Peery, R., McNeal, J.R., Kuehl, J.V., and Boore, J.L., Analysis of 81 genes from 64 plastid genomes resolves relationships in angiosperms and identifies genome-scale evolutionary patterns, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, vol. 104, no. 49, pp. 19369–19374.

4. Odintsova, M.S. and Yurina, N.P., Chloroplast genomics of land plants and algae, in Biotechnological Applications of Photosynthetic Protein: Biochips, Biosensors and Biodevices, US: Springer, 2006, pp. 57–72.

5. Chen, S.L. and Phillips, S.M., Orinus (Poaceae), in Flora of China, Wu, Z.Y. and Raven, P.H., Eds., Beijing: Science Press; St. Louis: Missouri Botanical Garden Press, 2006, vol. 22, pp. 464–465.

6. Su, X., Wu, G.L., Li, L.L., and Liu, J.Q., Species delimitation in plants using the Qinghai–Tibetan Plateau endemic Orinus (Poaceae: Tridentinae) as an example, Ann. Bot., 2015, vol. 116, no. 1, pp. 35–48.

7. Su, X., Liu, Y.P., Wu, G.L., Luo, W.C., and Liu, J.Q., A taxonomic revision of Orinus (Poaceae) with a new species, O. intermedius, from the Qinghai–Tibet Plateau, Novon, 2017, vol. 25, no. 2, pp. 206–213.

8. Su, X., Yue, W., and Liu, J.Q., Germplasm collection and preservation of Orinus (Poaceae) in the Qinghai–Tibet Plateau, Plant Diver.Res., 2013, vol. 35, no. 3, pp. 343–347.

9. Li, H.X., Zhang, D.P., Hao, Y.Q., and Zhao, H.X., Analysis of microbial diversity of root microecosystem of Orinus kokonorica,J. Shenyang Normal Univ: Nat. Sci. Ed., 2016, vol. 34, no. 2, pp. 228–233.

10. Doyle, J.J. and Doyle, J.L., Isolation of plant DNA from fresh tissue, Focus, 1990, vol. 12, no. 1, pp. 13–15.

11. Bolger, A.M., Lohse, M., and Usadel, B., Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data, Bioinformatics, 2014, vol. 30, no. 15, pp. 2114–2120.

12. Zerbino, D.R. and Birney, E., Velvet: algorithms for de novoshort read assembly using de Bruijn graphs, Genome Res., 2008, vol. 18, no. 5, pp. 821–829.

13. Lohse, M., Drechsel, O., Kahlau, S., and Bock, R., Organellar Genome DRAW–a suite of tools for generating physical maps of plastid and mitochondrial genomes and visualizing expression data sets, Nucleic Acids Res., 2013, vol. 41, pp. W575–W581.

14. Katoh, K. and Standley, D.M., . MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability, Mol. Biol. Evol., 2013, vol. 30, no. 4, pp. 772–780.

15. Swofford, D.L., PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and other methods), version 4, Sunderland, MA: Sinauer Associates. 2002.

16. Stamatakis, A., RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies, Bioinformatics. 2014, vol. 30, no. 9, pp. 1312–1313.

17. Yang, M., Zhang, X.W., Liu, G.M., Yin, Y.X., Chen, K.F., Yun, Q.Z., Zhao, D.J., Al-Mssallem, I.S., and Yu, J., The complete chloroplast genome sequence of date palm (Phoenix dactylifera L.), PLoS One, 2010, vol. 5, no. 9. e12762.

18. Liu, Y.P., Su, X., Lu, T., Liu, T., and Chen, K.L., Characterization of the complete chloroplast genome sequence of Littledalea racemosa Keng (Poaceae: Bromeae), Conserv. Genet. Resour., 2018, vol. 10, no. 3, pp. 343–346.

19. Su, X., Liu, Y.P., Lu, T., Liu, T., and Zhu, D., Complete chloroplast genome of Psammochloa villosa (Poaceae), a pioneer grass endemic to sand dunes in northwest China, Conserv. Genet. Resour., 2017, vol. 10.

Copyright© ICBGE 2002-2022 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 03.07.22