en   uk  
ISSN 0564-3783
Цитологія і генетика
 
 
Цитологія і генетика 2021, том 55, № 2, 75-76
Cytology and Genetics 2021, том 55, № 2, 183–187, doi: https://www.doi.org/10.3103/S0095452721020092

Сharacterization of the complete chloroplast genome of Meconopsis puniceA (Papaveraceae), an endemic species from the Qinghai­Tibet plateau in China

Liang R., Caraballo­Ortiz M.A., Liu Y., Su X.

  1. Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai­Tibetan Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  2. Key Laboratory of Physical Geography and Environmental Process in Qinghai Province, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  3. Department of Botany, National Museum of Natural History, Smithsonian Institution, Washington, DC 20013­7012, USA
  4. Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai­Tibetan Plateau, Qinghai Normal University, Xining 810008, China

РЕЗЮМЕ. Meconopsis punicea Maxim. (Papaveraceae) – це альпійська багаторічна рослина, ендемічна для Цинхай­Тібетського нагір’я у південно­західному Китаї. У цьому дослідженні нами було виділено послі­довність і проаналізовано повний геном хлоропласту цієї рослини за допомогою Illumina HiSeq platform. Таким чином, було представлено другий повний геном хлоропласту для виду Meconopsis після нещодавньої публікації першого (M. racemosa) у 2018 р. Наші результати демонструють, що довжина геному хлоропласту M. punicea складає 153 260 п.н.; він має досить високий вміст A + T (61,5 %) та стандартну чотиристоронню структуру з великою (LSC, 84 122 п.н.) і малою (SSC, 17 730 п.н.) однокопійною областями, розділеними двома копіями інвертованого повтору (IRs, по 25 704 п.н.). Загалом геном хлоропласту кодує 110 генів, включаючи 78 білок­кодуючих генів,29 тРНК генів і три рРНК гени. Більшість (94) генів зустрічаються в межах однокопійних областей. Порівняння цих результатів з попередньо опублікованими даними щодо геному хлоропласту M. racemosa показало, що обидва види мають однакові тип та кількість генів і вміст G + C. Крім того, філогенетичний аналіз максимальної вірогідності на основі 33 геномів хлоропластів дає підстави для припущення, що M. punicea є базальним у кладі Meconopsis сімейства Papaveraceae.

Ключові слова: Papaveraceae; Meconopsis punicea; геном хлоропласту; секвенування Illumina; філогене­тичний аналіз; Цинхай­Тібетське нагір’я

Цитологія і генетика
2021, том 55, № 2, 75-76

Current Issue
Cytology and Genetics
2021, том 55, № 2, 183–187,
doi: 10.3103/S0095452721020092

Повний текст та додаткові матеріали

Цитована література

1. Bendich, A.J., Circular chloroplast chromosomes: the grand illusion, Plant Cell, 2004, vol. 16, no. 7, pp. 1661–1666.

2. Bolger, A.M., Lohse, M., and Usadel, B., Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data, Bioinformatics, 2014, vol. 30, no. 15, pp. 2114–2120.

3. Dierckxsens, N., Mardulyn, P., and Smits, G., Novoplasty: de novo assembly of organelle genomes from whole genome data, Nucleic Acids Res., 2017, vol. 45, no. 4. e18.

4. Doyle, J.J. and Doyle, J.L., Isolation of plant DNA from fresh tissue, Focus, 1990, vol. 12, no. 1, pp. 13–15.

5. Greiner, S., Lehwark, P., and Bock, R., OrganellarGenomeDRAW (OGDRAW) version 1.3.1: expanded toolkit for the graphical visualization of organellar genomes, bioRxiv, 2019, p. 545509.

6. Jung, J., Kim, J.I., Jeong, Y.S., et al., AGORA: organellar genome annotation from the amino acid and nucleotide references, Bioinformatics, 2018, vol. 34, no. 15, pp. 2661–2663.

7. Katoh, K. and Standley, D.M., MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability, Mol. Biol. Evol., 2013, vol. 30, no. 4, pp. 772–780.

8. Liu, Q.R., Meconopsis punicea Maxim., Bull. Biol., 2015, vol. 50, no. 12, p. 16.

9. Liu, Y.S., Gao, L.Y., Wang, H., et al., The current status of Meconopsis punicea Maxim., Modern Hortic., 2012, vol. 6, p. 14.

10. Liu, Y.P., Lv, T., Zhu, D., et al., Sequencing and alignment analysis of the complete chloroplast genome of Littledalea tibetica, an endemic species from the Qinghai–Tibet Plateau, Bull. Bot. Res., 2018, vol. 38, no. 5, pp. 518–525.

11. Morris, L.M. and Duvall, M.R., The chloroplast genome of Anomochloa marantoidea (Anomochlooideae; Poaceae) comprises a mixture of grass-like and unique features, Am. J. Bot., 2010, vol. 97, no. 4, pp. 620–627.

12. Ren, Z.S., The effects of climate on the growth of Meconopsis seedling in Kunming, Acta Bot. Yunnan., 1993, vol. 15, no. 1, pp. 110–112.

13. Stamatakis, A., RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies, Bioinformatics, 2014, vol. 30, no. 9, pp. 1312–1313.

14. Tillich, M., Lehwark, P., Pellizzer, T., et al., GeSeq—versatile and accurate annotation of organelle genomes, Nucleic Acids Res., 2017, vol. 45, no. W1, pp. W6–W11.

15. Wu, F.H., Kan, D.P., Lee, S.B., et al., Complete nucleotide sequence of Dendrocalamus latiflorus and Bambusa oldhamii chloroplast genomes, Tree Physiol., 2009, vol. 29, no. 6, pp. 847–856.

16. Wu, Z.Y., Flora of China, Beijing: Science Press, 1999, vol 32.

17. Wu, H.F., Song, Z.J., Zhu, H.J., et al., Chemical constituents of Meconopsis punicea, Nat. Prod. Res. Dev., 2011, vol. 23, no. 2, pp. 202–207.

18. Zeng, C.X., Hollingsworth, P.M., Yang, J., et al., Genome skimming herbarium specimens for DNA barcoding and phylogenomics, Plant Methods, 2018, vol. 14, p. 43.

19. Zhao, Q.S., Treasured alpine flowers